I combustibili attualmente usati in molti impianti di cogenerazione rappresentano una vera sfida per gli impianti di abbattimento delle emissioni.
I combustibili rinnovabili (oli vegetali) che oggi trovano impiego nei motori a combustione interna destinati alla cogenerazione, a causa del penalizzante andamento di mercato delle biomasse liquide raffinate, sono qualitativamente meno pregiati dei loro predecessori di qualche tempo fa e sono caratterizzati da un contenuto di contaminanti molto più elevato, un aspetto che si riflette negativamente sulla qualità della combustione, sul tasso di emissione degli inquinanti e sulla resa degli impianti di abbattimento necessari a contenere le emissioni entro i limiti di legge.