Il GME organizza e gestisce anche i Mercati per l’Ambiente, cioè mercati per lo scambio dei Certificati Verdi, dei Titoli di Efficienza Energetica (certificati bianchi) e delle Unità di Emissione; attraverso questi mercati il GME promuove attivamente lo sviluppo delle fonti rinnovabili, l’incremento del risparmio energetico e la riduzione delle emissioni di gas dannosi per l’ambiente.